Тянь-Шаньнның бізге таяу орналасқан бөліктерін зерттеуге жол ашылды.

1858 жылдың өзінде орыс офицері Шоқан Шыңғысұлы Уәлиханов өзінің ұлттық қырғыз киімімен сауда керуеніне еріп, Зәукі асуы арқылы Ташкентке*1 өтіп, ол жақтан көптеген қызықты ғылыми этнографиялық және статистикалық мағлұматтар жинап келді. Петерборға келген соң П. П. Семеновтың жетекшілігімен оларды өңдеуге кіріскен еді, бірақ сырқат және мезгілсіз ажал оның қызықты ғылыми жұмыстарын тоқтатып тастады.

Тянь-Шаньнның бізге таяу орналасқан бөліктерін зерттеуге жол ашылды.

1858 жылдың өзінде орыс офицері Шоқан Шыңғысұлы Уәлиханов өзінің ұлттық қырғыз киімімен сауда керуеніне еріп, Зәукі асуы арқылы Ташкентке*1 өтіп, ол жақтан көптеген қызықты ғылыми этнографиялық және статистикалық мағлұматтар жинап келді. Петерборға келген соң П. П. Семеновтың жетекшілігімен оларды өңдеуге кіріскен еді, бірақ сырқат және мезгілсіз ажал оның қызықты ғылыми жұмыстарын тоқтатып тастады.

Орта жүз сұлтандарының бірінің ұлы Шоқан Шыңғысұлы Уәлиханов Шыңғыс әулетінен тарайтын атақты Абылай ханның ұлы Уәли ханның немересі еді. Ол Омбы кадет корпусында тәрбиеленді және офицер болғаннан соң ерекше дарынымен П. П. Семеновтың назарын аударды. Олар 1856-1857 жылы Сібірде танысты. П. П. Семенов генерал-губернатор Г. Х. Гасфортқа Қашғарға өз ұлттық қырғыз киімімен сапар шегіп, ерекше дарыны арқасында Ресей үшін өте қажет Қашғар ғана емес, тұтас Алтышар туралы мәліметтерді жинап, орыс шекараларын мазасыздандырған Шығыс Түркістанда болып жатқан төңкерістің себебін түсіндіре алатын жалғыз сауатты офицер Ш. Ш. Уәлиханов екені жайлы кеңес берді. Мұндай қажетті мәліметтердің бағдарламасын П. П. Семеновпен бірге қырғыз даласын жетік білетін полковник К. К. Гутковский құрды. Сібір әскери округының қолбасшысы Г. Х. Гасфорт Шоқан Уәлихановты сәті түскен кезде Қашғарға жолсапарға аттандырып, ол (керуенбасының туысы ретінде) Зәукі асуы арқылы 1858 жылы көпес керуеніне ілесіп, аман-есен жетті.

Ол жерде Шоқан Уәлиханов жалпы Алтышар туралы аса құнды мәліметтерді жинап үлгерді және алғаш рет Ад. Шлагинтвейттың қазасының себептері мен құпиясын аша алды. Шлагинтвейт Қашғарға келген кезінде, сорына қарай, Шығыс Түркістанның қожайыны болып халық көтерілісін ұйымдастырған, қанышер қожа Уәлихан төре таққа отырады. Қытай әскерлерінің қысымында қалған қашғарлықтар ференгтің (шетелдік) келгеніне қуанып, ол (Шлагинтвейт) қорғанысқа кеңес бере алады деп ойлап оны Уәлихан қожаға әкеледі. Әрдайым ашулы және қан төкпей отыра алмайтын ол сол сәтте өкінішке орай, апиын ішіп еліріп отырады. Қожа Шлагинтвейттен құжаттарын көрсетуді талап етеді, ол құжаттарын тек Қоқан ханына көрсете алатынын және олар Бомбейден соған арналғанын айтқанда, ыза болған қожа ашуға булығып, жатжерлікті бірден өлім жазасына бұйырады. Жаза қаланың шетінде орындалады, Шлагинтвейтті жендеттер мешіт орналасқан жаңа алаң арқылы алып өтеді. Оқиға куәгерлері, Шоқан Уәлиханов жергілікті дәстүр бойынша әйелдікке алған Қашғар қызы да шетелдіктің бойы ұзын, жергілікті киім киген, бірақ жалаңбас, шашы ұзын болғанын айтады. Ад. Шлагинтвейттің шабылған басы Уәлихан төренің бұйрығымен жазаланғандардың бас сүйегінен орнатылған пирамиданың ең төбесіне қойылған. Бұл оқиға 1857 жылдың тамыз айында болған. Арада көп уақыт өтпей жергілікті халық пен әскер Уәлихан қожаның қанышер қылықтарын көтере алмайтынын түсінеді... Уәлихан төре Қоқанға қашты, ал қытайлықтар көтеріліс жасаған халықты қайтадан билеп-төстеп, көп адамды жазалап, қаталдық танытты. Қашғарда 5 айдай болған Шоқан Уәлиханов 1859 жылы сәуірде қызықты мәліметтермен кері қайтып, 1860 жылы Петерборға келді. Ол жерде Географиялық қоғамның мүшелігіне алынып, П. П. Семеновтың жетекшілігімен Қырғыз даласы туралы жинаған мол географиялық, этнографиялық және тарихи материалдарын өңдеуге кірісті. Бұған қоса Петербор университетінен дәріс тыңдау арқылы өз мағлұматтарын толықтыруға тырысты. Француз және неміс тілдерін меңгерген Уәлиханов Орталық Азияға қатысты нәрсенің бәрінде тамаша қабілеттілік танытты. Уәлихановтың «Жоңғария очерктері», «Алтышардың жағдайы» атты тамаша мақалалары 1861 ж. жарық көрген «Императорлық орыс географиялық қоғамының жазбалары» жинағында жарияланды. Өкінішке орай, Уәлихановтың әлсіз денсаулығы Петербор ауа райын көтермеді; 1863*2 жылы ол еліне қайтып келуге мәжбүр болды, 1865 жылы өкпе дертінен дүние салды. Оның Қашғар сапарының соңғы беттерін 1868 жылы Қоғамның «Известиясында» барон Ф. Р. Остен-Сакен басып шығарды.